Microsoft och Steve Ballmer har vid ett flertal tillfällen anklagat open source och Linux för att göra intrång i Microsofts patent. Trots påtryckningar har Microsoft, av någon anledning, vägrat presentera vilka patent det är fråga om. För att spinna vidare på samma sätt har man nu sagt att det rör sig om 235 olika patent (Linux 42, GUI 65, e-mail 15, OpenOffice 45, Övrigt 68) som det görs intrång på. Microsoft har dock inget intresse av att jaga runt och stämma varenda utvecklare som gör intrång på dess patent utan försöker istället att få till licensavtal mellan dem och utvecklarna. Det mest uppenbara är samarbetet med Novell.
Många open source-företag och The Free Software Association reagerade starkt när Novell valde att skriva avtal med Microsoft. Många ser det som ett, och kanske det enda, sättet som Microsoft kan komma åt Linux.
Det går dock inte förneka att man känner viss frustration bakom Microsofts krav, speciellt med tanke på dess ovilja att presentera några bevis för sina påståenden. Det har gått så långt att självaste Linux Torvalds reagerat och visat upp viss irritation.
Han säger i en intervju med Fortune Magazine att det snarare är troligare att Microsoft gör intrång på patent än att Linux gör det. Han upprepar även kraven på att presentera bevis för sina påståenden, vilket en gång för alla skulle bevisa om Linux gör intrång och man i så fall kan arbeta runt dessa patent.
